Za obszary Natura 2000 uznaje się tereny o największym znaczeniu dla zachowania zagrożonych lub bardzo rzadkich gatunków roślin i zwierząt czy charakterystycznych siedlisk przyrodniczych mających znaczenie dla ochrony wartości przyrodniczych całej Europy (jej różnorodności biologicznej). Sposób ochrony w obrębie każdego z tych obszarów może być inny. Bardzo istotnym działaniem w odniesieniu do obszarów Natura 2000 jest monitoring stanu siedlisk przyrodniczych, siedlisk gatunków roślin i zwierząt oraz ich populacji w ich obrębie oraz raportowanie wyników tych obserwacji, ponieważ umożliwia ocenę skuteczności prowadzonych działań ochronnych.
Sieć Natura 2000 to skrócona nazwa Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000, która jest wprowadzana we wszystkich krajach Unii Europejskiej. Tworzą ją poszczególne obszary Natura 2000, wyznaczane zgodnie z jednolitymi, naukowymi kryteriami zapisanymi w dyrektywie Rady Europejskiej Wspólnoty Gospodarczej z 1992 r. o ochronie siedlisk naturalnych oraz dzikiej fauny i flory w Europie (dyrektywie „siedliskowej”). Sieć łączy dwa odrębne podsystemy obszarów chronionych wyznaczane na podstawie dwóch dyrektyw Unii Europejskiej. Jeden z podsystemów obejmuje obszary ważne dla ochrony dzikich ptaków (ostoje dzikich ptaków o znaczeniu europejskim), a drugi tworzą obszary wyznaczane w celu ochrony określonych typów siedlisk przyrodniczych oraz siedlisk istotnych dla ochrony gatunków roślin i zwierząt innych niż ptaki. Ochrona ptaków ma w ramach sieci Natura 2000 specjalny status ze względu na długą tradycję ich
Sieć Natura 2000 nakłada się na dotychczasowe systemy ochrony przyrody funkcjonujące w państwach europejskich, ale ich nie zastępuje a uzupełnia, jej cele i funkcje są bowiem odmienne.
Nazwa Europejska Sieć Ekologiczna Natura 2000 sugeruje, że obejmuje ona nie tylko obszary najcenniejsze, ale pełną strukturę przyrodniczą, łącznie z terenami stanowiącymi połączenia między tymi najcenniejszymi obszarami. Takie tereny łącznikowe nazywa się korytarzami ekologicznymi, a ostatnio „zieloną infrastrukturą”. Tereny te umożliwiają gatunkom migrację między tymi wydzielonymi obszarami, co jest konieczne by te gatunki mogły przetrwać w dalszej perspektywie. Swobodne przemieszczanie się osobników jest podstawą do normalnego funkcjonowania populacji większości gatunków zwierząt, potrzebują one bowiem odpowiedniej przestrzeni do zaspokajania swoich potrzeb życiowych. Dlatego też korytarze ekologiczne uznaje się za bardzo ważny element struktur przyrodniczych. Ochrona korytarzy ekologicznych nie jest jeszcze prawnie wymagana ani w ramach sieci Natura 2000 (zaleca się jedynie ochronę tych struktur), ani dotychczasowego systemu ochrony przyrody. Na ważną rolę korytarzy wskazywano jednak w wielu dokumentach strategicznych nt. ochrony przyrody, zarówno w Polsce jak i na forum europejskim. Liczne komunikaty Komisji Europejskiej z lat 2009-2010 i dyskusje na forum europejskim wskazują jednak na to, iż ranga ochrony korytarzy ekologicznych bardzo wzrasta i nie tylko wyznaczanie ich, ale też ich ochrona oraz odpowiednie gospodarowanie na tych terenach stanie się koniecznością i zapewne obowiązkiem prawnym.
Obowiązek ustanawiania obszarów Natura 2000 spoczywa na wszystkich państwach członkowskich Unii Europejskiej i większość z nich w dużym stopniu wywiązała już się z tego zadania. Dziś ponad 26 tys. obszarów Natura 2000 wyznaczonych we wszystkich 27 krajach członkowskich zajmuje już ok. 17,5%, a proces ich wyznaczania jeszcze się nie zakończył, choć jest bardzo zaawansowany. W przyszłości sieć będzie pokrywała znaczną część Unii Europejskiej – co najmniej 20% powierzchni. Od stanu zachowania przyrody, stopnia unikatowości w skali europejskiej i jej udokumentowania zależy to, jak duża część danego kraju będzie włączona do sieci Natura 2000. W Słowenii np. będzie to prawdopodobnie ponad 35%, a w Bułgarii ponad 34%, w Hiszpanii ok. 27%, w Wielkiej Brytanii niewiele ponad 7%, a w Polsce ok. 20-21%, czyli na średnim poziomie w UE.
Należy podkreślić, że sieć Natura 2000 obejmuje obszary o najcenniejszych walorach przyrodniczych na terytorium Unii Europejskiej, a za razem o najbardziej reprezentatywnej dla naszego kontynentu przyrodzie, pokazuje więc „kapitał przyrodniczy” znacznej części kontynentu europejskiego.
W Polsce wiele instytucji włączonych jest w proces zarządzania siecią Natura 2000. Za tworzenie sieci odpowiada Ministerstwo Środowiska, które przede wszystkim przygotowuje ramy prawne dla funkcjonowania tej sieci w naszym kraju, natomiast procesem tworzenia obszarów Natura 2000 kieruje Generalna Dyrekcja Ochrony Środowiska (GDOŚ). Bezpośrednim nadzorem nad obszarami Natura 2000 oraz przygotowywaniem planów ochrony dla tych obszarów zajmuje się 16 regionalnych dyrekcji ochrony środowiska, jednak ich nadzór nie dotyczy wszystkich obszarów Natura 2000. Morskie obszary Natura 2000 nadzorowane są przez dyrektorów urzędów morskich, a obszary Natura 2000, które obejmują tereny parków narodowych nadzorowane są przez dyrektorów tych parków.
Nadzorem nad tworzeniem i funkcjonowaniem sieci Natura 2000 na poziomie Unii Europejskiej zajmuje się Komisja Europejska, a dokładniej jej wyspecjalizowany organ – Dyrekcja Generalna Środowisko. Istotną rolę odgrywa też Europejska Agencja Środowiska (EEA), która odpowiadając za monitorowanie stanu środowiska i przygotowywanie różnych raportów i materiałów, wspomaga tym samym Komisję Europejską.
